2011年，三年医改即将到收官阶段，盘点医改各项改革，中国社科院经济研究所研究员朱恒鹏认为：新医改五大改革项目中，基本药物制度改革证明是最差的。
在2011财新峰会的“医改寻路”分论坛环节，他发言时提出，依靠基本药物制度降低药费、解决百姓医疗负担，此路不通。
09年将“基本药物制度”当作新医改五大具体改革项目之一，以“安徽模式”为样本在全国基层医疗机构大规模推行。核心举措是，政府制定基本药物目录，统一招标；基层医疗机构以进价销售基本药物，即零差价销售；为补偿基层医疗机构卖药损失，政府进行财政补偿。
中国已存在医疗保险制度，通过改革医保，也可控制药费。朱恒鹏认为，在设计伊始，基本药物制度即没有必要。
首先，政府统一招标采购，实行零差率，不能从根本上避免药品购销中的回扣问题；其次，政府财政补偿不合理，在补药费差价上，制定药费15%的补偿额不符合实际。他认为，以安徽模式为例，基本药物制度违反经济规律，在现实中不可行。
他强调，实践证明，在基层医疗机构，从地方现实和推行效果看，基本药物制度是失败的。朱恒鹏说，根据他的研究，基本医疗机构的药品加价率远高于15%，平均为100%；而在补偿方式上，通过财政补偿负担基层医疗机构医生的方式，会造成基层医疗机构医疗人员推诿病人的现象。
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